Le basilic citron s'utilise principalement cru, car son parfum s'estompe à la cuisson. Il convient particulièrement bien avec les salades, les tomates crues, les pâtes, les crustacés, les poissons de mer comme la daurade, les omelettes, la volailles, le canard et les sauces au citron ou à l'huile d'olive. Le basilic citron est idéal pour parfumer les mayonnaises et on en fait un sorbet exquis. Les recettes les plus utilisées en cuisine méditerranéenne sont le pesto, un mélange pilé de basilic, d'huile d'olive, de pignons, d'ail additionné de parmesan et le pistou recette proche du pesto sans le parmesan qu'on ajoute à la soupe de légumes aux haricots, dans les pâtes, ou avec les beignets de courgettes et d'aubergines. Ce basilic est moins connu, mais son parfum très citronné mérite de l'essayer.